Mutazione presente negli spermatozoi o nella cellula uovo (o nei loro precursori) di un individuo e che può essere trasmessa alla prole. Quando una mutazione nella linea germinale si verifica per la prima volta nella famiglia interessata non ci saranno portatori né storia clinica precedente. Una volta trasmesse alla discendenza le mutazioni germinali saranno presenti in tutte le cellule della prole incluse le cellule della linea germinale e possono essere trasmesse alle generazioni successive a meno che non interferiscano con la riproduzione.